Beliau dilantik sebagai jurulatih pasukan Elite B-18, Sekolah Tinggi Chungskyung, dan pada Ogos 1999, beliau memenangi Anugerah Jurulatih Terbaik kerana memenangi kejohanan bola sepak sekolah tinggi Jeju Baekrokki, dan Anugerah Pengurus Terbaik kerana memenangi Piala Kapten Persatuan Seoul

Hong Kong Rangers

Sebagai pengurus sambil bermain selama dua tahun dari 2002 hingga 2004, beliau berkhidmat sebagai jurulatih Hong Kong Rangers, pasukan paling lemah dalam Liga Hong Kong pada masa itu, dan menduduki tempat pertama dengan 7 kemenangan dan 2 seri pada separuh masa pertama 2002-03 musim.

Busan I'Park

Kim kembali ke Korea Selatan pada 2004 dan memperoleh Lesen Kejurulatihan Profesional bagi Konfederasi Bola Sepak Asia (AFC), pada masa itu hanya 5 orang di Korea Selatan yang mempunyai kelayakan yang sama.[6] Sejak 2005, beliau telah dilantik sebagai ketua jurulatih Busan I'Park, menjadi pembantu jurulatih Ian Porterfield. Pada 2006, beliau mengambil alih sebagai pemangku jurulatih dan mengalahkan Pohang Steelers, Suwon Bluewings, Gyeongnam FC dan Jeonbuk Hyundai. Selepas itu, beliau menewaskan Gwangju Sangmu, Daejeon Citzen dan Jeju United, membawa pasukan itu ke peringkat pertengahan dan memberi jawatannya kepada jurulatih Andy Egli. Bagaimanapun, Egli secara tiba-tiba mengumumkan peletakan jawatannya semasa menghadiri latihan di lapangan di Amerika Syarikat pada Jun, dan Kim menjadi pemangku jurulatih semula. Jurulatih Kim, yang menjadi ketua jurulatih selepas Egli, melemparkan baton selepas 17 hari memegang jawatan, dan hanya bertindak sebagai pemangku jurulatih tiga kali dalam setahun dan empat bulan terakhir.[7] Dalam tempoh Kim berkhidmat sebagai jurulatih sementara, kedudukan Busan dalam liga meningkat pada kadar yang memberangsangkan. Orang Korea memanggilnya "Magis Pan-gon" tetapi kerana pasukan itu tidak pernah melantiknya sebagai ketua jurulatih, beliau kembali ke Hong Kong pada 2008.[8]

South China

Selepas beberapa tahun berkhidmat dalam Liga Korea, beliau menjadi pengurus kelab gergasi Liga Divisyen Pertama Hong Kong, South China mulai 2008. Beliau membawa pasukan itu ke separuh akhir Piala AFC 2009, tetapi tewas kepada Kuwait SC.[6]

Pada 11 Disember 2010, selepas kekalahan 3-4 oleh Kitchee, Kim Pan-gon meletak jawatan daripada jawatan pengurus pasukan China Selatan, dengan alasan kesihatan yang memerlukannya untuk pulih semula di Korea Selatan.[9]

Hong Kong Senior dan B-23

Semasa menguruskan South China, beliau juga merupakan jurulatih Hong Kong dan Hong Kong B-23 dari Ogos 2009 hingga Mac 2010, pada masa itu beliau mengetuai pasukan senior ke kumpulan akhir Kejohanan Bola Sepak Asia Timur 2010. Beliau juga mengetuai Hong Kong B-23 untuk memenangi pingat emas dalam acara Bola Sepak di acara bola sepak Sukan Asia Timur 2009 selepas menewaskan Korea Selatan, Korea Utara dan Jepun.[6]

Gyeongnam FC

Pada 26 November 2010, Kim telah ditukarkan jawatan daripada pengurus kepada perunding kecergasan fizikal di South China, dan dia akan kembali ke Korea Selatan kemudian untuk berkhidmat sebagai perunding taktikal untuk pasukan Liga K Gyeongnam FC. Kim memberitahu media bahawa disebabkan masalah jantung dan hati yang kecil, adalah tidak sesuai untuknya menjadi pengurus dan ketua jurulatih South China. Terdahulu, beliau telah dijemput oleh Gyeongnam FC untuk menjadi ketua jurulatih, tetapi Kim hanya bersetuju untuk berkhidmat sebagai perunding taktikal, dan keluarganya akan terus tinggal di Hong Kong.[10] Bagaimanapun, kerana isu kesihatan isterinya yang tinggal di Hong Kong, beliau kembali ke Hong Kong selepas satu musim.

Jawatankuasa penyeliaan Korea Selatan

Pada 26 Disember 2017, Kim telah dilantik oleh Persatuan Bola Sepak Korea untuk menjadi ketua jawatankuasa penyeliaan pasukan kebangsaan Korea Selatan. Beliau bertanggungjawab mengupah jurulatih untuk pasukan kebangsaan Korea Selatan dan skuad B-23. Beliau memainkan peranan dalam mempromosikan pembangunan bola sepak dengan melantik, menilai, dan menyokong pemilihan jurulatih pasukan kebangsaan, pengurusan dan pelan hala tuju jangka panjang.[11]

Malaysia

Pada 21 Januari 2022, Persatuan Bola Sepak Malaysia (FAM) mengumumkan bahawa mereka telah melantik Kim Pan-gon sebagai jurulatih pasukan kebangsaan yang baharu.[12] Pelantikan Kim turut diiringi empat pembantu pilihannya, terdiri daripada pegawai analisis dan kecergasan, penolong jurulatih dan jurulatih teknikal. Kim ditawarkan kontrak selama dua tahun dan akan disambung sekiranya FAM berpuas hati dengan prestasi skuad negara pada masa hadapan.[13]